Saludos Oscar, a mi parecer el problema es que una de las capas no esta en el sistema de coordenadas que tu crees. Me ha pasado que tengo capas en proyección UTM pero diferente sistema del cual no estoy seguro, lo que hago es que las cargo en el sistema que se supone deben estar por ejemplo RegVen UTM Zona 19 (para Venezuela), si no cuadran modifico la capa donde tengo más dudas, en propiedades de la capa y asigno otro sistema de coordenadas por ejemplo La Canoa o PSAD56, UTM Zona 19, y veo el ajuste. Para que QGis las haga coincidir debes tener en tu proyecto activado la “Proyección al Vuelo”.
¿Cómo hacer si tengo dudas en ambas capas? Muy sencillo utilizas un PlugIn como Quick Map Services u Open Layers, o descargas la capa de la zona de Open Street Map, utilizas esta para evaluar el ajuste