Saludos, puedes realizar esa operación (quemar los cauces sobre un MDE) con SAGA:
O directamente en QGis:
El problema con SAGA es que debe coincidir la extensión de los archivos, su resolución y sistema de proyección, sino tienes que ajustarlos con Resampling
Tengo entendido que ILWIS, ahora software libre también lo hace
Ahora, mi recomendación personal para tu caso, que me ha dado excelentes resultados es utilizar, por lo menos para generar un MDE hidrológicamente apto, utilizar ArcGis.
ArcGis cuenta con el modulo Topo To Raster, diseñado para generar un MDE hidrológicamente corregido, te pide como insumo elementos para crear, modificar y delinear el MDE en Vectorial poligonal, la red de drenaje, lagos, curvas de nivel, líneas de rupturas, puntos de elevación, en una versión como el ArcGis10 puedes incluir cimas. Aquí no importa la extensión del área, ni sistema de proyección
¿Qué puedes hacer? Como cuentas con un MDE extrae las curvas de nivel, introduce los demás elementos y genera el nuevo MDE mediante Topo To Raster.
Hay muchas cosas que considerar sobre dicho procedimiento, pero espero esto te puede orientar
Creo que se puede lograr algo similar explotando los software libres GRASS, SAGA, la librería Sextante, pero eso ya es una ardua investigación