Para detectar el cauce más largo (cauce principal) calcula el stream order (strahler) ello te ayudará a detectar los drenajes de mayor orden y que por consiguiente son los más largos.
Existe un problema de definicion en tu pregunta, porque en realidad el cauce más largo de una cuenca vendría a ser el largo máximo de la cuenca. para conocer el largo máximo de la cuenca puedes el tutorial de parámetros morfométricos de cuencas (en este blog).