Hola, teóricamente si las capas poseen la misma proyección deberían sobreponerse tu problema puede deberse a lo siguiente mira a ver si te pasa alguno de estos casos:
- Se realizó mal el proceso de proyección, recuerda que existen coordenadas geográficas proyectadas y no proyectadas y coordenadas planas proyectadas u no proyectadas, para hacer el proceso de proyección se debe seguir un orden determinado si quieres exactitud.
- Si la distancia no es mucha puede haber pasado que una de las capas (la que se distancia) fue movida por error mientras se hacía procesos de edición
Si aun así no funciona, me puedes enviar los shp a mi correo (joseluissig@hotmail.com) y te colaboro con la tarea, ya que es complicado ayudarte en este tema sin tener contacto con los datos.
Saludos!