Hola, actualmente hago mi tesis de grado en SWAT, si cuentas con todos los datos necesarios para correr el modelo, este proceso no es complicado, claro que tienes que tener ciertas bases para la realización de proceso de calibración del modelo. Se han realizado muchos estudios de caso en los que se han aplicado el modelo en diferentes cuencas en muchos países los cuales encontraras en la web.
Te recomiendo los siguientes documentos para tu trabajo:
Este no es un proceso que se realiza de la noche a la mañana, así que tendrás que tener un poco de paciencia, el modelo es muy estricto en el ingreso de los datos y la forma en cómo se organizan, por lo que tienes que tener en cuenta todas las recomendaciones que leas en el tutorial o en los videos, antes que nada aprende a correr los ejemplos que SWAT trae por defecto una vez instalada la extensión, y que encontraras en, C:\Swat\ArcSWAT\Databases\Example1, una vez hecho esto tendrás muchas preguntas que podrás buscar en la web, o en foros de SWAT, o si te puedo colaborar, perfecto.
Espero te sirva esta información.
Saludos!