Hola,
Siu estas trabajando con Arcgis, creo que la opción sería con la herramienta recortar (Clip), que se encuentra dentro de Geoprosesamiento.
Tendrías que tener un shape de polígono (puede ser un país), donde lo atraviezan las diferentes Isoyetas.
Como entidad de entrada iría el polígono, y como entidad de corte irían las Isoyetas.
Luego del corte, el polígono se divide en N poligonos menores, a los cuales tendrías que crearle un campo para generarle el área en caso de que no lo tenga o simplemente recalcular el área de los nuevos polígonos.
Saludos