Estimad@s:
He encontrado la respuesta al problema de ArcGIS 10.1 con los join a partir de un xls de excel: el xls por defecto es muy inestable y no lo recomiendo para hacer joins. Entonces, encontré una solución alternativa mucho más práctica, que la dejo para quienes aún lidian con este problemita:
La alternativa es dejar el excel de lado y trabajar en Access, tu xls de datos importalo en Access y luego exporta eso mismo desde Access a un archivo *.dbf (DBF 5, por ejemplo). Lamentablemente excel 2007 y 2010 ya no tiene la extensión dbf como formato de exportación permitido, lo que generalmente uno "soluciona" llevando el xls a csv, pero igual trae problemas en ArcGIS como por ejemplo que te cambie los nombres originales de tus campos.
Por tanto, trabajamos haciendo joins siempre con archivos dbf, a la antigua, lo que es mucho más estable, evitando dolores de cabeza innecesarios.
Puede que sea algo trivial, pero es bueno compartirlo. Espero les sirva.
Saludos!