Hola amigo, no soy un experto en este tema, pero creo que debes investigar un poco sobre el tema para que hagas preguntas mas concretas, pues creo que lo que tu necesitas de acuerdo a tu pregunta es alguien que te diga como hacer un proyecto. Si no es así me disculpo.
Primero que nada debes saber como se calcula la infiltración al subsuelo, debes tener datos de repelencia, saturación, conductividad hidráulica, etc. Despues de tener estos datos y dependiendo de los datos del suelo en diferentes parámetros puedes estimar entonces la zona de recarga.
Esto es variable y entonces cuando tengas estos datos o los calcules peudes entonces ver donde aplicar los sistemas de información y las herramientas distintas para esta parte de la hidrogeología.
Saludos cordiales.