Me paso una vez que quería sacar una cartografía temática para un departamento en mi país, pero la cartografía base estaba en geográficas WGS84, es tedioso proyectar todo eso a la zona de tu país, por lo tanto decidí trabajar con geográficas y al final, a la cartografía obtenida fue a la que le realice la proyección.
Claro que si necesitas calcular áreas, distancias etc. no hay nada que hacer, debes hacer la proyección a planas, con los orígenes correspondientes a tu país y región.
Si no te coinciden los puntos es que estas haciendo mal la proyección, por ejemplo en mi país si quiero de pasar de geográficas a planas proyectadas, debo pasar antes por geográficas proyectadas ya que si no lo hago hay un desfase de aproximadamente 100mts
Espero te sirva.
Cordial Saludo
Att. Jose Luis O.
Ing. Agroforestal