Yo utilizo QGIS en la versión 2.4 Chugiak, la herramienta que buscas se llama Split vector layer y debes primeramente definir un atributo numérico a cada polígono y te exportará cada valor único a una carpeta que debes definir.
En ArcMap no estoy seguro de la herramienta, pero he hecho lo que te digo en QGIS.
Espero te ayude.