Hola,
por lo que entiendo quieres hacer, se me ocurren dos formas bastante sencillas. Una es teniendo zonas definidas como, departamentos, distritos o secciones y las coloreas de acuerdo al numero de puntos que intercepten o queden comprendidos en sus limites. La otra es haciendo una interpolacion de los datos donde tu debes elegir el metodo de acuerdo a la variable que quieras interpolar, ej. numero, edad, sexo, etc..
Suerte, Sds.