He probado abrir Personal Geodatabases en QGIS, pero únicamente algunas capas que necesitaba y no muchas, una vez abierta la PGDB exporto las capas a un formato vectorial sencillo y trabajo con ellas, no creo que puedas creas PGDB en QGIS pues es un formato de ESRI, pero creo que sería posible crear una base de otro tipo Spatialite por ejemplo.
Mírate este link a ver si te sirve de algo:
http://www.northrivergeographic.com/archives/opening-file-based-geodatabases-qgis-2-2