Hay varias cosas que debes considerar.
Primero DEM significa Digital Elevation Model, por ende ya tienes el Modelo digital de elevaciones.
No se entiende a que te refieres con 'resultados diferentes' si estas realizando alguna operacion con los dos MDE es posible que obtengas resultados diferentes, en cuyo caso deberias validar los mismos, para evaluar cual de los dos es mas preciso y es mas conveniente utilizar.
A priori, no puedes 'mejorar' la calidad de los datos si no posees informacion adicional (puntos DGPS por ejemplo).
Depende de lo que quieras realizar.