Hola que tal compañero.
Debes tener en cuenta que para unir las imágenes DEM, cada una de estas deben tener la misma profundidad de pixeles. Para ello vas a las propiedades de cada una de ellas, y verificas donde dice "Pixel depth" (por ejemplo una puede ser de 16 Bit).
Luego realiza el mosaico como lo hiciste anteriormente:
- En input "Input Raster" cargas los DEM.
- "Output Location" la ubicación donde guardarás el archivo.
- "Raster Dataset Name with Extension" le das el nombre del archivo, con la extensión a guardar (por ejemplo "dato1.tif".
- En "Pixel Type" eliges la opción de pixel que tienen las imágenes DEM (lo que te mencione en un principio).
- "Number of Bands" le das 1 (por ejemplo).
- Y finalmente "OK".
Prueba con ello, quizá algun detalle se te fue.