Principalmente puede ser la resolución del DEM (tal vez el río no tiene profundidad de 15 metros, por eso no lo puedes ver), el análisis morfométrico depende de la calidad de tu modelo de elevación digital. Puedes corregir ciertas imperfecciones del DEM con la herramienta Fill (Hydrology), otra recomendación sería crear un modelo de elevación digital hodrológicamente correcto, para lo cual puedes usar la herramienta TOPO to Raster.