Saludos amigos,
Luego de mucho probar y leer, encontre mi propia respuesta. Y como siempre, hay mas de una manera de hacer las cosas. Pondre aqui la que mas me gusto: Es posible modificar los valores de las celdas raster a la conveniencia de cada uno? Si. Se debe usar python, y la libreria numpy. Se lleva el raster que se quiere modificar a un array. Esto se logra con la order arcpy.RasterToNumPyArray lo que hace que el array se convierta en una gran matriz de n filas y m columnas. De aqui en adelante se debe usar los loops de python para recorrer y modificar las celdas a su conveniencia. Esto ya es sencillo. Luego se debe volver a transformar la matriz a formato raster y luego grabarlo.
Espero la respuesta les sea util.
Saludos