Buenos días Charanga.
Esa parte es fácil. Si tienes las copas bien diferenciadas, tan sólo tendrás que identificar que umbral de valores de la capa ráster hay q definir. Por ejemplo, si tienes la suerte de tener una imagen NIR, lo ideal es calcular el NDVI, de esa forma las copas de los árboles tendrán valores altos. Con ese ráster, haces una selección de valores para convertir en 1 los valores que estén por encima de ese umbral, ejemplo 0,7, y y valores 0 para los pixeles del ráster con menor valor de 0.7.
En QGIS en la calculadora de ráster será:
caparaster > 0.7