En este caso dependería de la resolución del DEM, si considera que su DEM tiene mayor resolución intente exportarlo a menor resolución luego realiza el mismo proceso (adicionalmente puede usar la herramienta Hydrology > Fill para remover valores atípicos).
También puedes suavizar el DEM con Focal Statistics (Spatial Analyst). En realidad hay varias métodos. Pero todo depende del DEM que uses de entrada.