Quizá tu error no se deba a la importación o la georeferenciación, debes considerar que para ciertas zonas el Aster GDEM tiene errores (artefactos) que quizá provocan lo que tu mencionas.
Normalmente la información del Aster GDEM está en coordenadas geográficas, es decir ya tienen georeferencia, por lo que lo único que hago es reproyectar para la zona de mi interés.