Hola primero que todo debes crear una máscara para recortar el Raster esta puede ser en formato Raster o entidad, luego vas a herramientas de spatial análisyst en ArcToolbox, extracción, extraer por mascara, aquí se te pedirá que ingreses primero el Raster a recortar, la máscara y el archivo de salida del Raster creado.
Saludos !