El proceso de interpolación puede abordado desde algunas ópticas, primero en función de tus datos podrías escoger el método, existen algunos disponibles: kriging, splines, basados en la distancia, entre otros.
Luego en función de la aplicación que tengas disponible o desees usar tienes algunas opciones, en software libre puedes descargar QGIS e instalarte el plugin de SEXTANTE en donde tiene algunas herramientas de interpolación. En software de pago ArcGIS también posee herramientas interesantes de interpolación que podrías evaluar para ver cual se ajusta a tus necesidades.
Espero te ayude.