A veces la herramienta clip no funciona cuando no tienen la misma proyeccion y datum como comenta en el anterior respuesta, pero hay un detalle mas, cuando usas la herramienta clip se debe tener cuidado en la direccion de la carpeta donde guardas, a veces nosotros direccionamos el archivo cortado carpeta tras carpeta hasta 3 o mas. entonces trata de guardarlo no muy "adentro" si no afuera en Disco C , D o E. minimo una carpeta. o simplemente dejado que el programa lo guarde por defecto en su direccion y luego lo exportas donde lo deseas. espero que te sirva.