Hola: si estas utilizando Global Mapper, el procedimiento es más sencillo. Selecciona el polígono a través de cual quieres cortar tu imagen (geotiff) y luego vas a:
File/export raster: escoges geotiff
En el menu Geotiff export options, escoges la pestaña Export Bounds, luego esgoes la última opción: Crop tu Selected Area Feature(s). Y listo lo guardas. La imagen que procesará, saldra cortada segun lo indicaste.
Saludos