Si las dos capas poseen la misma resolución espacial, es decir el mismo tamaño de pixel, puede hacer una operación diferencia entre las dos capas con una calculadora ráster en cualquier paquete SIG (ArcMap, QGIS,....) y representar esos resultados.
Mirate este tutorial de manejo de la calculadora raster, yo uso QGIS:
http://spatialgalaxy.net/2012/01/25/using-the-qgis-raster-calculator/
Espero te sirva.