Algunos comentarios,
Si ya tienes nuevas imagenes georeferenciadas a partir de la rectificacion con Arcgis, puedes usar en ENVI la herramienta Mosaicking/ Georeferenced y te permite unirlas todas en una con balance de color. Tambien Erdas lo permite.
Otra forma que he utilizado, en Photoshop la herraminta Photomerge, para hacer primero una sola imagen muy balanceada de tono y luego la georreferencias en ArcGis o lo que gustes,
Lo que he notado con Arcbrutile (herramienta de la respuesta anterior) es que tambien tiene diferencias de tonos cuando acercas el zoom y tampoco he podido imprimir con las imagenes.
Espero te sea util el comentario
Saludos