Buen punto de vista, se podría trabajar directamente con el cruze de información (es algo común que suele suceder, contar con información a diferente escala), en este caso no veo mucho problema, porque quieres cruzar a una escala de 500 000 información proveniente de 100 000, si fuera lo contrario, sería un problema muy grave, por decir en la información de 100 000 eliminaría/generalizaría objetos a una superficie y longitud "X" (información "invisible a 500 000", ejemplo ríos menores a 100 metros, polígonos menores a diez hectáreas, etc).