Hola, para que los puntos tomados con GPS y la imagen te coincidan, ambos deben tener igual sistema de referencia espacial.
Tu imagen la debiste georeferenciar teniendo en cuenta algún sistema de referencia espacial que puede ser el universal WGS84 o alguno proyectado que se utilice para tu país, lo que debes hacer es ver con qué sistema de referencia fueron tomados los puntos GPS y estos proyectarlos o transformarlos al sistema en el que tu imagen se georeferenció.
Si vas a realizar la transformación o la proyección teniendo en cuenta que son dos conceptos distintos, haces lo siguiente:
ArcMap, ArcToolbox, Herramientas de Administración de Datos, Proyecciones y transformaciones, Entidad, Proyectar.
Te saldrá un cuadro de dialogo donde tendrás que ingresar lo puntos con su sistema de coordenadas, la ubicación de salida del archivo y el sistema de coordenadas al que los quieres proyectar, en tu caso al mismo sistema en el que se encuentra la imagen.
Listo con esto ya te coincidirán los puntos en la Imagen
Saludos !