Para cortar debes editar el Shp de poligonos y seleccionas los que quieras cortar, con la herramienta cut poligon. Para identificar el centro los arboles con un punto, debes crear un shp de puntos donde ubicas una linea de puntos-centro de arbol para el comienzo, y en la edicion de ese shp encuentras copy paralel donde tu defines la distancia donde te crea la proxima linea de puntos y asi sucesivamente.
Espero haberte sido util, debes avanzar en el uso de tu GIS de preferencia. Sds