Puede deberse a algunas cosas, primero revisa el orden de las capas de la combinación en QGIS. Luego algunas veces en QGIS la imagen se despliega sin considerar los mínimos y máximos verdaderos de la imagen, es decir debes hacer que QGIS cargue esos valores y luego aplicar esos cambios en la visualización, se consigue en la pestaña Estilo de las propiedades de la capa, en una sección en la parte izquierda que dice Min - Max y luego haciendo click en cargar.
Finalmente debes considerar que posiblemente a pesar de estas consideraciones los dos programas desplieguen la imagen con colores diferentes.