Hola, el procedimiento para extraer una imagen de un area especifica en ArcGis, es ese " Extract by mask". Puedes revisar que tengas habilitadas las herramientas Spatial analyst tool en la oreja de customize extensions... Si no te da resultado prueba de extraerla pero no le definas el lugar donde guardarla, deja que lo haga por defecto en su geodatabase y por ultimo prueba de reparar tu poligono tal vez esta roto, repair geometry
Sds
JL