Depende de lo que quieras hacer, de lo que entiendo la calculadora de raster se aplica especificamente cuando tienes informacion en capas raster, mientras el overlay se aplica con capas vectoriales normalmente, aunque hay programas especificos que te permiten manipular los dos tipos de informacion (implicando procesos de transformacion entre tipos de datos).
Depende del modelo que quieras hacer, puedes aplicar el uno u el otro enfoque, si proporcionas mas detalles, podriamos ayudarte.