No puedes 'cortar' un raster con otro, pero los puedes combinar en un nuevo raster, se podria hacer de diversas formas dependiendo de tus datos, con la calculadora raster y/o luego reclasificando la capa generada por ejemplo.
Podrias tambien hacer una mascara binaria de lluvia y luego multiplicarla a tu capa de agricultura obteniendo asi los valores que buscas.
Depende del enfoque.