Hola, no se si guarda relación con tu pregunta del ILWIS, pero te contestaré en ese sentido.
Las herramientas del ILWIS son muy intuitivas para lo que deseas, tiempo atrás hice una prueba similar, lo que haces es emplear las herramientas en orden de la categoría DEM hydro-processing y asumiendo que lo que tienes es un MDE de tu cuenca.
De la subcategoría Flow determination:
- Fill Sinks (remueve las depresiones locales de tu DEM)
-Flow Direction (creas un raster de dirección de flujo).
-Flow accumulation. (Creas un raster de acumulación de flujo) los dos últimos se usan en pasos posteriores.
De la subcategoría: Network and Catchment extraction.
- Drainage Network extraction.
- Drainage NEtwork ordering (aquí quizá debas hacer algunas pruebas, pues debes definir una longitud mínima que es función de tu zona de estudio).
- Catchment extraction (Define las cuencas según los rasteres creados en los pasos anteriores, al igual que el paso anterior debes definir el tamaño mínimo de lo que quieres considerar como cuenca.
En principio hasta este paso habrás definido las subcuencas de tu cuenca, es un proceso iterativo algunas veces hasta lograr resutlados satisfactorios, por lo que es posible que debas hacer algunas pruebas.
Espero te sirva.