puedes automatizar las operaciones directamente en python, utilizando la expresión que generas en la herramienta de Raster Calculator
Simplemente incluyendo la operación en el operador:
import arcpy
r = Raster("Tu_Raster") * 3.1416
r.save("Raster_Salida")
Para hacer el tipo de análisis puedes definir un rectábgulo y la operación puede ser similar a esta, mediante un condicional y focal estadistics:
Con(IsNull("raster"), FocalStatistics("raster", NbrRectangle(3,3, "CELL"), "MEAN"), "raster")
El anterior crea un rectángulo de 3x3 (o sea un cuadrado) y da como valor de salida la media de los valores, según se puedes modificar y hacer algunas pruebas para determinar otras operaciones matemáticas, para encontrar 'la diferencia' que es la parte que no entiendo muy bien de tu duda.
Espero te sirva de algo mi respuesta :)