Davit, me paso lo mismo una vez, los ortofotos no calzaban bien con las cartas topográficas, la razón era que cuando las georeferenciaron erraron en las coordenadas, eran solo 6, se ubicó el archivo metadata de cada una, se hizo de nuevo la georreferenciación con cada una. Cada ortofoto debe venir con su archivo txt con las coordenadas Xmax-min y Ymax-min y aplicarlas en cada pixel ubicado en cada extremo de la imagen, haciendo zoom en cada uno de los 4 pixel para minimizar el grado de error.
Saludos y espero te sirva la orientación.
Rafael