Si estas trabajando con ArcGis/ArcMap:
Barra de Menú Editor > Editor/More editing tools > advanced editing
selecciona la barra "advanced editing", aparecerá una nueva barra de menú con el mismo nombre.
inicia sesión de edición con la capa que necesitas separar, selecciona el polígono que uniste con Join
y selecciona de la barra "advanced editing" la opción "explode multipart feature"
Saludos.