Muy buenas!
Recientemente he sufrido un fallo similar (concretamente el error 1005 al intentar realizar intersección de una capa del IGN). Buscando, encontré la siguiente solución por otros lares:
https://gis.stackexchange.com/questions/222385/clip-line-vector-by-shape-fails-error-1005
Esta página no es que resolviera 100% el fallo, pero me dió la pista clave para limpiar el fallo que tenía la capa.
Lo que hice fue:
1. Sobre la capa en cuestión, apliqué la herramienta vclean (es una herramienta de GRASS), a fin de eliminar fallos en la capa
2. Posteriormente, apliqué la conversión de Multipartes a partes sencillas. (Al parecer, el algoritmo de intersección no reconoce capas generadas como multipuntos (o algo así), y de ahí el fallo).
Una vez realizados estos 2 pasos, las capas han ido como la seda, además de permitirme otras funcionalidades que antes estaban fallando (como es el caso de la reproyección, que me daba un error -2147483646).
Bueno, espero que os sirva.
Un saludo!