Saludos, tu pregunta es interesante, merece un articulo, la solución es sencilla pero no especificaste que programa utilizas.
Otra cosa que no entiendo bien a que te refieres con el tamaño de los puntos? un punto es un par de coordenadas X y Y, asumiré que te refieres a un atributo del punto, por otro lado, entiendo que tienes varias parcelas de diversos tamaños
Te responderé en base a QGis, pero descuida si trabajas en ArcGis te aseguro que tiene una herramienta similar con un nombre muy parecido.
Planteo el escenario:
Tienes dos capas, una de puntos con unos valores que son de interés, una capa de polígonos con varias parcelas
Te interesa:
1.- Saber cuantos puntos hay dentro de cada polígono y que dicho valor se inserte como un atributo
2.- La suma del valor del campo interés de solo los puntos que estén dentro del polígono, igualmente aparezcan como un campo en la tabla de atributos
En QGis3 en el menú Vectorial > Herramientas de Análisis > Contar puntos en polígono
Te abre una caja de dialogo donde configuras la capa de puntos y de polígono, previamente cargada en QGis
Si quieres contabilizar los puntos dentro del polígono sencillamente le das un nombre al campo que tendrá la sumatoria de los puntos contenidos y ejecutas la herramienta, te genera un Shapefile con el campo del conteo. Si quieres llevarlo a termino de densidad sencillamente calcula el área de cada polígono y divide la cantidad de puntos entre el área
Para considerar el valor (atributo de la capa de puntos), en la misma herramienta, aparecen dos parámetros opcionales, una de ellas es Campo de peso, aquí puedes seleccionar el campo numérico de la capa de puntos, nuevamente le das un nombre al campo que tendrá la sumatoria, te genera un Shp que contiene un campo con la sumatoria de los valores del campo de solo los puntos dentro del polígono
Es importante que consideres que esto lo puedes realizar en una sola parcela mediante selecciones y consultas espaciales, ahí compruebas los resultados