Tu pregunta es bastante amplia, y la respuesta depende de lo que te hayas planteado hacer. Un software específico podría ser cualquier SIG (QGIS, ArcMap, ENVI, Erdas, IDRISI, ILWIS, etc) dado que todas las opciones que te menciono pueden hacer tal análisis. Obviamente, implica cierto grado de manipulación de la información que poseas.
Luego puedes usar herramientas de visualización, empezando por el propio GoogleEarth que tiene imágenes históricas para ciertas áreas. También se ofrecen productos desarrollados en algunos portales, como digo, depende de cuales sean tus objetivos.