Pudiera tratarse de un problema de la herramienta, para que el círculo quede perfecto siempre es mejor presionar la tecla shift mientras se traza, o es un problema de la proyección geográfica que estás manejando. Revisa que trabajes en una proyección cilíndrica o cónica con un sistema de coordenadas adecuado a tu zona geográfica.
Saludos