Saludos, primero debes verificar en sistema de referencia en el que esta cada capa, también es recomendable saber el origen de la información (fuente y como levantada). La escala a la que fue generada es otro aspecto fundamental, por ejemplo si tu hidrográfica viene de un mapa 1:25.000 y el limite administrativo de 1:250.000 puede que no coincidan en su trayecto por la generalización cartográfica.
Dos sistemas de referencia cartográfico por ejemplo un punto en Venezuela Proyección UTM con un Datum local y la misma Proyección-zona pero con el Datum WGS84 tiene un desplazamiento entre 300 y 400 metros, con esa referencia puedo comparar e inferir en que sistema esta una capa cuya fuente desconozco. Te recomiendo consultar en tu pais el desplazamiento entre los sistemas más comunes.
Otra idea es utilizar las capas bases de ArcGis, la de imagen y mapas para, definiendo el sistema de proyección del proyecto y el que crees tiene cada capa deberían entonces coincidir. El mapa base de ArcGis será el patrón para comparar