Saludos, es muy extraño, podrías dar más detalles: versión de Qgis, como creas los puntos (capa temporal, de archivo), abres un proyecto guardado o uno nuevo?
Te recomiendo crear los campos numéricos norte y este o los nombras latitud y longitud, luego con el generador de expresiones los llenas con la coordenada X y Y, respectivamente, hay podrás verificar la coordenada real del punto. Al abrir el archivo nuevamente- Ojo en el mismo SRC- repetir la expresión para verificar