No tengo muy clara tu pregunta, pero si lo que quieres es calcular la línea fronteriza que comparten dos polígonos (pero que no se sobreponen), si lo puedes hacer en ArcGIS (en todas sus versiones), primero debes convertir tus polígonos a líneas, la herramienta Intersect deja solamente la línea de intersección de los polígonos.
ArcToolbox > Analysis Tools > Overlay > Intersect