Correcto, he realizado lo que me comentas, en la topología aplicas la regla Must Not Overlap, bien ahora dentro de ArcMap en Error Inspector de la barra de topología buscas todos los errores de sobreposición generados con Must Not Overlap, dentro del inspector los seleccionas a todos, con clic derecho aplicas Create Feature, esto te generará los polígonos, ahora abres la tabla de atributos y seleccionas todos los nuevo polígonos que acabas de generar, en las propiedades de la capa los exportas con Data > Export Data, con ello ya tiene la capa que necesitas, ahora puedes obviar guardar los cambios generados por las reglas topológicas para que converses tu capa original.