Podría ser el sistema de referencia, asegúrate que cuente con uno, también puedes chequear si cuentas con la extensión Data Interoperability, pero con archivos GPX lo que suelo hacer es cargarlos directamente con Add Data (somo si se tratará de cualquier fichero, shp, raster, tif, img, etc), luego desde ArcMap con clic derecho los exportas Data > Data export.