Hola, lo que yo haría en tu caso es lo siguiente. Dices que uno de los layer está bien ubicado verdad !
1. Comienza edición en el layer mal ubicado
2. Selecciona todos las entidades de este layer desde la tabla de atributos (deben quedar en color magenta)
3. Has un zoom en el cuadro "sólo" de la imagen que colocaste (hay manzanas que tienen polígonos dentro, hay un cuadro que no tiene subdivisiones, a ese me refiero)
4. Coloca el cursor sobre el cuadro (verde) mal ubicado haces click sostenido sobre el, y lo corres hasta que encaje en la manzana de fondo (gris), Como el proceso es tan poco exacto te recomiendo que hagas zoom varias veces y repitas el proceso hasta conseguir que encaje exactamente.
5. Detienes edición y gurardas los cambios
Aquí una imagen de la sombra que se forma al mover polígonos mal ubicados lo cual te dejara ubicarte y colocarlo en el lugar preciso
