Hola no estoy seguro que esos MDE tengan interferencia de la vegetación como tal, podría ser tu caso en función de la fuente de tus datos.
De cualquier forma lo que plantea en el sitio que presentas, es un relleno de los sinks o pits que son zonas sin dirección de drenaje.
Esa opción, sino me equivoco está en el modulo Sextante del Gv SIG y se llama Sink Filling y lo hace es crearte un MDE sin depresiones o zonas sin dirección de flujo, de modo que sea hidrológicamente correcto.
Luego si deseas hacerlo según la metodología que explica tendrías que fijarte en el valor máximo de tu MDE en sus estadísticas y con la calculadora raster del Gv SIG hacer las expresiones correspondientes.
Espero te ayude.