Hola Marlon, no, no cambio en nada al desactivar o activar la proyección al vuelo en Qgis, adicionalmente descargué diferentes archivos de ALOS 1Palsar para la zona en cuestión y obtengo el mismo resultado, Bien en Qgis pero en ArcGIS no coincide apareciendo desfasado más o menos 180 mts al sur de donde debería estar.