Son dos aplicaciones diferentes, ArcGIS es el paquete de aplicaciones (así como Office), ArcMap es su aplicación estrella (algo cómo Word y Excel) seguramente la conoces bien, pero ArcGIS Pro es la nueva aplicación, haciéndolo sencillo sería como una "fusión" de ArcMap y ArcScene, se puede trabajar tanto en 2D como 3D.