Por eso, no debes darles a todos un mismo sistema, sino el correcto, justo con el cual se crearon, si colocas a todos el mismo sistema, estas aceptando que su posición es correcta, al reproyectarlos los enviarás a una posición incorrecta, si mismo no logras conocer su proyección correcta, o bien realizas un ajuste espacial de los vectores, o georreferencias en base a los vectores las imágenes ráster.